Ну я ж написал - коммандер - это капитан второго ранга, он же подполковник. А майор - это на ступеньку ниже звание во флоте, капитан третьего ранга. Так что Шеппард капитан корабля "Нормандия" (который по классу - фрегат). Но как-то странно, что на фрегаты необходимо такое высокое звание, все-таки у сухопутных подполковник - это скорее замком полка или командир полка, майор - командир батальона к примеру.