В СССР были целые секретные города, но не подземные бункеры по производству оружия. Системы защиты мне кажется вполне могли быть просто в виде роботов, благо во вселенной Фоллаута это распространенная практика.
Просто мне кажется что производство лучевого оружия, как весьма технологичная штука, может быть завязан даже не столько на том что его могут разбомбить или не разбомбить, а на работе множества побочных предприятий. Для лазеров надо искусственные рубины, для плазмы керамика, всему этому батарейки и т.д. И производилось это все на разных предприятиях, и найти их все рабочими, и заставить снова работать как единое целое мне кажется в постядерном мире задача практически не реализуемая.
Впоминается практика ВМВ когда союзники пытались уничтожить завод по производству подшипников и бомбили его и бомбили, а немцы менее чем за неделю все восстанавливали, а когда союзники доперли уничтожить к нему пути подвоза сырья то все стало на месяц.