Нашел таки подходящую программу - Goldensection Notes.
Очень удобная , позволяет создавать структуированый документ с разделами и отрельными записями.
Теперь сижу , расписываю структуру книги и загоняю в нее текст.
Правда - еше не знаю как потом конвертировать это в другие форматы
