"Скайнет" легко мог бы распылить вирусы по всей атмосфере Земли и поддерживать их новыми распылениями. Это было бы куда проще, чем отбиваться от постоянно вылазящих из бункеров людей. Да хотя бы наносить тактические ядерные удары в те места, где разведаны эти бункеры, а не засылать туда терминаторов и выкуривать людей методом осады. Я понимаю, что города дальше разрушать "Скайнет" не хотел по причине лута транзисторов-резисторов с электронного оборудования Но применение даже обычных высокоточных ракет с беспилотников было бы куда оправданнее создания тысяч куда менее функциональных терминаторов, которые и расщищать и лутать кстати ресурсы были не особо приспособлены - они были созданы сугубо для войны.
Да и вообще - разум подобного уровня, который не просто использовал старые технологии людей, а постоянно их совершенствовал, изобретая что-то новое (вплоть до машины времени) легко мог бы решить вопрос с сопротивлением выживших за пару лет максимум если бы реально хотел их уничтожить. А так он десятками лет играл с ними в войнушки, что скорее всего было просто одним из вариантом самообучения