То есть для вас мир "Терминатора" - логичен и построен на правильной теории ведения войн? Печаль ...
Скайнет нанес удар тем для чего был разработан - ядерным оружием. Куда уж логичнее. После ядерного удара человечество как монолитная структура перестала существовать, а заражать разрозненные группы людей вирусом - не получится эпидемиологического эффекта, т.к. группы не контактируют непосредственно, да и как заразить?
При этом руины города все равно надо зачищать и захватывать - для этого нужна пехота, всякими самолетами-танками этого не сделаешь. Собсно появились терминаторы.
Еще вопросы?
Я бы просто добавил, что в случае вирусной атаки "Скайнета" мы бы не увидели серию хороших фильмов, ибо говорить в них было бы совершенно не о чем