часть заданий на Цитадели автоматически выполнились при том, что я их не сделал или не сдал в процессе. Ну и ессно не дали награды
А должны считаться проваленными по идее. В игре вроде сделали так, что не все квесты можно выполнить в любой момент. Некоторые побочные после определенных сюжетных квестов становятся недоступны, так что имеет смысл вначале выполнить все-все побочные, а потом идти сюжет.